Ngày 6/9/2004, TCHQ có Công văn số 4194/TCHQ-GSQL hướng dẫn tạm thời về thủ tục hải quan đối với hàng hóa mua từ thị trường nội địa vào khu chế xuất. Tại điểm 2 công văn này hướng dẫn rõ: "DN VN bán hàng cho DN chế xuất mở tờ khai hàng hóa XK và làm thủ tục XK theo quy định tại Quyết định số 56/2003/QĐ-BTC ngày 16/4/2003 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về hồ sơ hải quan, quy trình thủ tục hải quan đối với hàng XNK theo hợp đồng thương mại".

Ngày 15/10/2004, Tổng cục Hải quan có Công văn số 4932/TCHQ-GSQL giải thích, bổ sung điểm 2 Công văn số 4194/TCHQ-GSQL nêu trên. Theo đó, DN VN bán hàng cho DN chế xuất nhưng không có yêu cầu mở tờ khai hải quan, không yêu cầu được hoàn thuế GTGT thì người bán không phải mở tờ khai hải quan. Hải quan chỉ giám sát, vào sổ theo dõi việc đưa hàng vào khu chế xuất, hải quan không hoàn thuế GTGT đầu vào và không xác nhận việc bán hàng này để được xin hoàn thuế GTGT ở cơ quan khác.

Trường hợp Cty TNHH dịch vụ Tuấn Phát bán hàng palet gỗ vào khu chế xuất Tân Thuận nhưng do không có yêu cầu mở tờ khai XK theo hướng dẫn tại Công văn số 4932/TCHQ-GSQL nêu trên, nên cơ quan hải quan không xác nhận việc bán hàng này, tức không xác nhận là hàng XK để được áp dụng thuế suất thuế GTGT 0%.